El Area de Ecología Urbana de la Fundación Natura trabaja en varios temas: contaminación de aire, agua, suelos y alimentos; impactos ambientales y de salud generados por la industria, la circulación vehicular, los desechos industriales y hospitalarios y las obras de infraestructura y desarrollo realizadas sin las garantías de preservación del ambiente. En el tema del control de la contaminación del aire, el Area ha trabajado en los problemas asociados al uso del plomo en las gasolinas y sus programas de eliminación. Los estudios realizados sobre plomo y su incidencia sobre la salud ciudadana, lograron la decisión gubernamental de producir gasolina sin plomo y sirvieron de base para la estructuración y expedición de la Ordenanza Municipal de Quito sobre combustibles y emisiones vehiculares. Uno de los componentes esenciales del Area ha sido la ejecución de acciones encaminadas a disminuir los riesgos y efectos de las actividades industriales sobre la salud humana y el ambiente. Considera prioritario mejorar los conocimientos y elevar el nivel de conciencia sobre los riesgos de un manejo inadecuado de los productos químicos que utilizan las industrias para sus procesos productivos. Así mismo, desarrolla prácticas, normas y reglamentos de seguridad, que incluyen el manejo de los residuos generados en la actividad industrial y hospitalaria. Adicionalmente, el Area tiene a su cargo la coordinación de la Red de Cambios Climáticos en el Ecuador. Atiende requerimientos de información y asesoría técnica en todos los campos relacionados con los problemas ambientales urbanos que generan daños en la salud humana y el medio ambiente. El Area de Ecología Urbana ha ejecutado y está ejecutando, los siguientes programas específicos:
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